学位論文
修士論文： 下出信次 (1998). 相模湾真鶴半島周辺海域における動物プランクトンの分布構造 — 特にカイアシ類の沿岸から外洋遷移域における分布特性の解明. 横浜国立大学大学院教育学研究科 修士学位論文.
博士論文： Shimode, S. (2002). Ecology of night emerging copepods in Tanabe Bay, Japan （田辺湾における夜間浮上性カイアシ類の生態）. 京都大学大学院理学研究科 博士学位論文.
原著論文
48. 下出信次 (印刷中). 相模湾における寄生性渦鞭毛藻類の浮遊性カイアシ類Calanus sinicusの卵生産に与える影響. 日本プランクトン学会報. 日本プランクトン学会報.
47. Otake, S., Takahashi, K. and Shimode, S. (2019). Effects of container size, density, and incubation period on ammonium excretion rate measurements of planktonic copepods: Validation with a highly sensitive analytical method. Plankton and Benthos Research, Volume 14, p.62-70.（査読有り）
46. Otake, S., Takahashi, K. and Shimode, S. (2019). Digestion time and feeding of pelagic chaetognath Zonosagitta nagae in the laboratory. Plankton and Benthos Research, Volume 14, p.39-44. （査読有り）
45. Ohnishi, T., Hirai, J., Shimode, S. and Tsuda, A. (2019). Identification of molecular markers associated with starvation in female Calanus sinicus (Copepoda: Calanoida). Marine Ecology Progress Series, Volume 614, p. 51-56. （査読有り）
44. Tang, K. W., Ivory, J. A., Shimode, S., Nishibe, Y. and Takahashi, K. (2019). Dead heat: copepod carcass occurrence along the Japanese coasts and implications for a warming ocean. ICES Journal of Marine Science, doi:10.1093/icesjms/fsz017（査読有り）
43. Sugai Y., K. Tsuchiya, S. Shimode and T. Toda (2018). Seasonal variations in microbial abundance and transparent exopolymer particle concentration in the sea surface microlayer of temperate coastal waters. Aquatic Microbial Ecology, Volume 81, p.201-211. （査読有り）
42. Takayama Y., K. Nakamura, S. Shimode and T. Toda (2018). First record of Acartia japonica Mori, 1940 (Copepoda, Calanoida) from Sagami Bay, the Pacific coast of Japan. Coastal Marine Science, Volune 41, p.1-4. （査読有り）
41. 下出信次 (2018). プランクトンとアウトリーチツールとしてのInstagram. 日本プランクトン学会報. 65巻2号, p.52.
40. Tsuchiya, K., V. S. Kuwahara, T. Yoshiki, R. Nakajima, S. Shimode, T. Kikuchi and T. Toda (2017). Response of phytoplankton and enhanced biogeochemical activity to an episodic typhoon event in the costal waters of Japan. Estuarine, Coastal and Shelf Science, Volume 194, p.30-39. （査読有り）
39. Sogawa, S., Sugisaki, H., Tadokoro, K., Ono, T., Sato, E., Shimode, S. and Kikuchi, T. (2016). Feeding habits of six species of euphausiids (Decapoda: Euphausiacea) in the northwestern Pacific Ocean determined by carbon and nitrogen stable isotope ratios. Journal of Crustacean Biology, Volume 37, p. 29-36. （査読有り）
38. Sugai, Y., Tsuchiya, K., Kuwahara, V.S., Shimode, S., Komatsu, K., Imai, A. and Toda, T. (2016). Bacterial growth rate and the relative abundance of bacteria to heterotrophic nanoflagellates in the euphotic and disphotic layers in temperate coastal waters of Sagami Bay, Japan. Journal of Oceanography, Volume 72, p. 577–587. （査読有り）
37. Sogawa, S., Sugisaki, H., Saito, H., Okazaki, Y., Ono, T., Shimode, S. and Kikuchi, T. (2015). Seasonal and regional change in vertical distribution and diel vertical migration of four euphausiid species (Euphausia pacifica, Thysanoessa inspinata, T. longipes, and Tessarabrachion oculatum) in the northwestern Pacific. Deep-Sea Research I, Volume 106, p. 1–9. （査読有り）
36. Tsuchiya, K., Kuwahara, S.V., Hamasaki, K., Tada, Y., Ichikawa, T., Yoshiki, T., Nakajima, R., Imai, A., Shimode, S. and Toda, T. (2015). Typhoon-induced response of phytoplankton and bacteria in temperate coastal waters. Estuarine, Coastal and Shelf Science, Volume 167, p. 458–465. （査読有り）
35. Tsuchiya, K., Sano, T., Kawasaki, N., Fukuda, H., Tomioka, N., Hamasaki, K., Tada, Y., Shimode, S., Toda, T. and Imai, A. (2015). New radioisotope-free method for measuring bacterial production using [15N5]-2′-deoxyadenosine and liquid chromatography mass spectrometry (LC–MS) in aquatic environments. Journal of Oceanography Volume 71, p. 675–683. （査読有り）
34. 平井惇也・下出信次・栗山美樹子・市川忠史・日高 清隆・津田敦 (2015). 超並列シーケンサーを用いたメタジェネティクスによるカイアシ類の群集構造解析. 日本プランクトン学会報, 62巻1号, p.73-78. （査読有り）
33. Kodama, K., Takahashi, K., Nakamura, K., Shimode, S., Yamaguchi, T. & Ichikawa, T. (2015). Short-term variation in the Calanus sinicus ammonium excretion rate during the post-capture period. Plankton & Benthos Research, Volume 10, Issue 1, p. 75-79. （査読有り）
32. Arai, M., Yoneyama, S., Quan, H., Kikuchi, T. and Shimode, S. (2015). Model tests of the buoyancy-control type ballast-free ship at sea, 12th International Marine Design Conference 2015, Tokyo, pp.569-577. （査読有り）
31. 荒井誠・若林康太・菊池知彦・下出信次 (2013). 浮力制御方式バラストフリー船の海水交換性能に関する洋上模型実験について. 日本船舶海洋工学会論文集, 17巻, p.177-184. （査読有り）
30. Hirai, J., Shimode, S. and Tsuda, A. (2013). Evaluation of ITS2-28S as a molecular marker for identification of calanoid copepods in the subtropical western North Pacific. Journal of Plankton Research, Volume 35, Issue 3, p. 644-656. （査読有り）
29. Sogawa, S., Sugisaki, H., Saito, H., Okazaki, Y., Shimode, S., and Kikuchi, T. (2013). Congruence between euphausiid community and water region in the northwestern Pacific: particularly in the Oyashio–Kuroshio Mixed Water Region. Journal of Oceanography, Volume 69, Issue 1, p. 71 - 85. （査読有り）
28. Shimode, S., Takahashi, K., Shimizu, Y., Nonomura, T. and Tsuda, T. (2012). Distribution and life history of the planktonic copepod, Rhincalanus nasutus and Rhincalanus rostrifrons, in the northwestern Pacific Ocean. Deep Sea Research I, Volume 65, p.133-145. （査読有り）
27. Shimode, S., Takahashi, K., Shimizu, Y., Nonomura, T. and Tsuda, T. (2012). Distribution and life history of the planktonic copepod, Eucalanus californicus, in the northwestern Pacific: Mechanisms for population maintenance within a high primary production area. Progress in Oceanography, Volume 96, Issue 1, p.1-13. （査読有り）
26. Baek, S.H., Shin, H.H., Choi, H.W., Shimode, S., Hwang, O.M., Shin, K., and Kim, Y.O. (2011). Ecological behavior of the dinoflagellate Ceratium furca in Jangmok harbor of Jinhae Bay, Korea. Journal of Plankton Research, Volume 33, Issue 12, p.1842-1846. （査読有り）
25. Shimode, S., Hiroe, Y., Hidaka, H., Takahashi, K. and Tsuda, T. (2009). Life history and ontogenetic vertical migration of Neocalanus gracilis (Dana) in the western North Pacific Ocean. Aquatic Biology, Volume 7, p.295-306. （査読有り）
24. Tsuda, A., Saito, H., Machida, R.J. and Shimode, S. (2009). Meso- and microzooplankton responses to an in situ iron fertilization experiment (SEEDS-II) in the northwest subarctic Pacific. Deep Sea Research II, Volume 56, p.2767-2778. （査読有り）
23. Baek, S.H., Shimode, S., Han S.M. and Kikuchi, T. (2009). Growth of dinoflagellates, Ceratium furca and Ceratium fusus in Sagami Bay, Japan: The role of vertical migration and cell division. Harmful Algae, Volume 8, p.843-856. （査読有り）
22. Baki, M.A., Motegi, C., Shibata, A., Fukuda, H., Shimode, S. and Kikuchi, T. (2009). Temporal changes in chlorophyll a concentrations and bacterial, viral, and heterotrophic nanoflagellate abundances in the coastal zone of Sagami Bay, Japan: implications of top-down and bottom-up effects. Coastal Marine Science, Volume 33, Issue 1, p.29-38. （査読有り）
21. 下出信次・白承鎬・大曽根智暁・菊池知彦 (2009). 相模湾北西部における栄養塩類およびプランクトン群集の中長期的な動態. 月刊海洋, Volume 41(2), p.86-97.
20. Baek, S.H., Shimode, S., Kim, H.C., Han S.M. and Kikuchi, T. (2009). Strong bottom-up effects on phytoplankton community cased by a rainfall during spring and summer in Sagami Bay, Japan. Journal of Marine System, Volume 75, p.253-264. （査読有り）
19. Baek, S.H., Shimode, S., Han S.M. and Kikuchi, T. (2008). The influence of nutrients concentration and the ratio on phytoplankton community structure during late spring and early summer in Sagami Bay, Japan. Algae, Volume 23(4), p.1-10. （査読有り）
18. Baek, S.H., Shimode, S., Han S.M. and Kikuchi, T. (2008). Growth of dinoflagellates, Ceratium furca and Ceratium fusus in Sagami Bay, Japan: The role of nutrients. Harmful Algae, Volume 7, p.729-739. （査読有り）
17. 寒川浩・下出信次（責任著者）・橋本隆司・菊池知彦 (2008). 相模湾真鶴港内におけるメイオベントスおよび自由生活性線虫類を用いた底質環境の評価法の有効性. 日本ベントス学会誌. Volume 63, p.11-22. （査読有り）
16. Baek, S.H., Shimode, S., Han S.M. and Kikuchi, T. (2008). Population development of the dinoflagellates Ceratium furca and Ceratium fusus during spring and summer in Sagami Bay, Japan. Ocean Science Journal, Volume 43, No. 1, 49-59. （査読有り）
15. Baek, S.H., Shimode, S. and Kikuchi, T. (2008). Growth of dinoflagellates, Ceratium furca and Ceratium fusus in the temperature coastal water of Sagami Bay, Japan: the role of temperature, light intensity and photoperiod. Harmful Algae, Volume 7, No. 1, p.163-173. （査読有り）
14. Baek, S.H., Shimode, S. and Kikuchi, T. (2007). Reproductive ecology of dominant dinoflagellate, Ceratium fusus, in the coastal area of Sagami Bay. Journal of Oceanogrphy, Volume 63, No. 1, p.35-45. （査読有り）
13. 松田裕之・浦野紘平・Axel Rossberg・小池文人・雨宮隆・牧野光琢・森野真理・久保隆・下出信次・中井里史・加藤峰夫・茂岡忠義 (2006). 生態リスクマネジメントの基本手順と事例比較. 生物科学. Volume 58, p.41-47.
12. 橋本隆司・下出信次・菊池知彦 (2006). 相模湾真鶴半島の海産自由生活性線虫類について. 国立科学博物館専報, 第41号, p.209-515.
11. Onoue, Y., Shimode, S., Toda, T. and Kikuchi, T. (2006). Reproductive strategy of Acartia steueri in Sagami Bay, Japan. Coastal Marine Science, Volume 30, Issue 1, p.353-359. （査読有り）
10. Baek, S.H., Shimode, S. and Kikuchi, T. (2006). Reproductive ecology of dominant dinoflagellate, Ceratium furca, in the coastal area of Sagami Bay. Coastal Marine Science, Volume 30, Issue 1, p.344-352. （査読有り）
9. Shimode, S. and Shirayama, Y. (2006). Diel vertical migration and life strategies of two phytal-dwelling harpacticoids, Ambunguipes rufocincta and Eudactylops spectabilis. Plankton and Beonthos Research, Volume 1, Number 1, p.42-53. （査読有り）
8. Shimode, S., Toda, T. and Kikuchi, T. (2006). Spatio-temporal changes in diversity and community structure of planktonic copepods in Sagami Bay, Japan. Marine Biology, Volume 148, Number 3, p. 581-597. （査読有り）
7. Rossberg, A.G., Matsuda, H., Koike, F., Amemiya, T., Makino, M., Morino, M., Kubo, T., Shimoide, S., Nakai, S., Katoh, M., Shigeoka, T., and Urano, K. (2005). A guideline for ecological risk management procedures. Landscape and Ecological Engineering, Volume 1, Issue 2, p.221-228. （査読有り）
6. Kurihara, H., Shimode, S. and Shirayama, Y. (2004). Sub-Lethal effects of elevated concentration of CO2 on planktonic copepods and sea urchins. Journal of Oceanography, Volume 60, No. 4, p.743-750. （査読有り）
5. Kurihara, H., Shimode, S. and Sirayama, Y. (2004). Effects of raised CO2 concentration on the egg production rate and early development of two marine copepods (Acartia steuri and Acartia erythraea). Marine Pollution Bulletin, Volume 49, Issue 9-10, p.721-727. （査読有り）
4. Shimode, S. and Shirayama, Y. (2004). Diel changes in vertical distribution of copepods community in Tanabe Bay, Japan. Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom, Volume 84, p. 607-615. （査読有り）
3. 下出信次・白山義久 (2003). 夜間水柱内に出現する葉上生ハルパクチコイダ類２種の日周鉛直移動. 大槌臨海研究センター研究報告, 第28号, p. 13.
2. Shimode, S., Toda, T. and Kikuchi, T. (2000). Ryocalanus spinifrons, a new species of Ryocalanidae (Copepoda: Calanoida), from the Southwestern part of Sagami Bay, Japan. Hydrobiologia, Volume 432, Nos. 1-3, p. 127-133. （査読有り）
1. 下出信次・戸田龍樹・菊池知彦 (1998). 相模湾真鶴半島周辺海域に出現するカイアシ類(Crustacea, Maxillopoda). 横浜国立大学教育人間科学部理科教育実習施設研究報告, 第11号, p.1-11.
著書
1. 松田裕之・浦野紘平・Axel Rossberg・小池文人・雨宮隆・牧野光琢・森野真理・久保隆・下出信次・中井里史・加藤峰夫・茂岡忠義 (2006). リスクマネジメントの基本手順. 浦野紘平・松田裕之(編), 生態環境リスクマネジメントの基礎, オーム社, 東京, pp.43-54.
報告書
3. 下出信次・白山義久 (2004). 田辺湾における葉上性ソコミジンコ類の生活史戦略. 平成15年度「海洋生命系のダイナミクス」成果報告書, p.145-148.
2. Shimode, S. and Shirayama, Y. （2002） Influences of benthic components on diel changes of zooplankton community in Tanabe Bay, Japan. 「堆積物-水境界における底生生物による有機物の選択的消費とタフォノミー ﾐ実験的手法による新しい古海洋環境指標の確立-」平成11年度〜平成13年度科学研究補助金（基盤研究(B)(2)）研究成果報告書, p.53-79.
1. Shimode, S. and Shirayama, Y. （2002） Ecology of two night emerging harpacticoid copepods, Ambunguipes rufocincta and Eudactylops spectabilis. 「堆積物-水境界における底生生物による有機物の選択的消費とタフォノミー 「-実験的手法による新しい古海洋環境指標の確立-」平成11年度〜平成13年度科学研究補助金（基盤研究(B)(2)）研究成果報告書, p.81-102.
国際学会・シンポジウムでの発表
31. Kuwahara, V. S., S. Shimode, K. Tsuchiya and R. Kurita (2018). Seasonal variability of the diffuse light field in relation to the mixed-layer depth and the succession of phytoplankton assemblages. Ocean Optics XXIV, October 2018, Dubrovnik, Croatia.
30. Kikuchi T., Y. Takayama, N. Natori, M. Hirahara, S. Shimode, S. Yamamoto and T. Toda (2018). Effect of lipid component on egg production of a calanoid copepod Acartia steueri. 4th International Postgraduate Conference on Biotechnology 2018 (IPCB 2018), Terengganu, Malaysia, August 2018.
29. Sugai, Y., K. Tsuchiya, V. S. Kuwahara, S. Shimode, K. Komatsu, A. Imai and T. Toda (2018). Bacterial growth and grazing pressure on bacteria in the euphotic and disphotic layers of temperate coastal waters. 4th International Postgraduate Conference on Biotechnology (IPCB) 2018, Kuala Terengganu, Malaysia, 27-29 August 2018.
28. Fushima. T., Kiyotaka, H., Mikawa, M., Hirahara, M., Kikuchi, T., Toda, T. and Shimode, S. (2018). Estimation of egg production rate of Calanus sinicus from preserved samples. North Pacific Marine Science Organization (PICES) -Annual Meeting 2018, Yokohama, Japan, October 2018.
27. Yshinaga, Y., Kikuchi, T., Toda, T. and Shimode, S. (2018). Diel rhythm of egg spawning of the planktonic copepod Calanus sinicus in Sagami Bay, Japan. North Pacific Marine Science Organization (PICES) -Annual Meeting 2018, Yokohama, Japan, October 2018.
26.Shimode, S., K. Takahashi, M. Hirahara, M. Mikawa, T. Kikuchi and T. Toda (2017) Egg sizes and life histories of the two planktonic copepod families Eucalanidae and Calanidae. PICES-2017 Annual Meeting (Vadivostok, Russia, September 2017).
25. Ikawa, Y., M. Inui, T. Kikuchi, T. Toda and S. Shimode (2017). Seasonal and year-to-year variations in the surface copepodid population and egg production rate of Eucalanus californicus (Copepoda: Calanoida) in Sagami Bay, Japan. PICES-2017 Annual Meeting (Vadivostok, Russia, September 2017).
24. Kurita, R., K. Tsuchiya, S. Shimode, T. Toda and V. S. Kuwahara (2017) High-resolution monitoring of phytoplankton communities using spectral fluorescence signatures. PICES-2017 Annual Meeting (Vadivostok, Russia, September 2017).
23. Ohnishi, T., J. Hirai, S. Shimode and A. Tsuda (2017). Identification of gene markers associated with starvation in female Calanus sinicus Brodsky (Calanoida: Copepoda). PICES-2017 Annual Meeting (Vadivostok, Russia, September 2017).
22. Tsuchiya, T., Toda, T., Sano,T., Tomioka, N., Imai, A., Kawasaki, N., Fukuda, H., Hmasaki K., Tada, Y. and Shimode, S. (2016). Comparison between [15N]-deoxyadenosine method and [3H]-thymidine method for measuring bacterial production in aquatic environments. SIL (The International Society of Limnology) 2016 (Torino ITALY, July 2016).
21 Shimode, S. and Takahashi, K. (2016). Egg sizes and life histories of the copepod family Eucalanidae. ICES/PICES 6th Zooplankton Production Symposium (Bergen NORWAY, May 2016).
20. Shimode, S., Inui, M., Kikuchi, T. and Toda, T. (2015). 3-year variability of Eucalanus californicus population in Sagami Bay, Japan: Relationships between population density and duration of surface occurrence. PICES-2015 Annual Meeting (Qingdao CHINA, October 2015).
19. Yamaguchi, T., Kikuchi, T., Toda, T. and Shimode, S. (2015). Seasonal changes in prosome length and egg reproduction of planktonic copepod Calanus sinicus in Sagami Bay, Japan. PICES-2015 Annual Meeting (Qingdao CHINA, October 2015).
18. Shimode, S. Takahashi, K. and Tsuda, A. (2012). Ontogenetic vertical migration of two tropical-subtropical copepods, Rhincalanus nasutus and Rhincalanus rostrifrons, in the northwestern Pacific Ocean: Implication for a variety of life history strategies of Rhincalanus. PICES-2012 Annual Meeting (Hiroshima JAPAN, October 2012).
17. Tsuda A., Shimode, S. and Takahashi, K. (2011) Comparative study of the life histories of Eucalanidae copepods in the subtropical and subarctic Pacific. 2nd ESSAS Open Science Meeting, (Seattle USA, May 2011).
16. Tsuda A., Shimode, S. and Takahashi, K. (2011) Neocalanus vs. Calanus oceans. Comparative study on the life histories of Neocalanus and Calanus copepods, and their global distribution. 2nd ESSAS Open Science Meeting, (Seattle USA, May 2011).
15. Shimode, S. and Tsuda, A. (2009). Geographical distribution and ontogenetic migration of Eucalanus californicus (Johnson) in the western North Pacific Ocean. PICES 18th Annual Meeting (Jeju KOREA, October 2009).
14. Tsuda, A. and Shimode, S. (2008). Distribution and life history of a subtropical copepod, Neocalanus gracilis: implication for the northward intrusion by subarctic species. PICES 17th Annual Meeting (Dalian CHAINA, October 2008).
13. Shimode, S. and Tsuda, A. (2008). Horizontal and vertical distribution of Neocalanus gracilis from western North Pacific Ocean. 10th International Conference On Copepoda (Pattaya THAILAND, July 2008).
12. Baek, S.H., Shimode, S., Han S.M. and Kikuchi, T. (2007). The effect of nutrients on the growth characteristics of the dominant dinoflagellates, Ceratium furca and Ceratium fusus, in Sagami Bay, Japan. 4th International symposium on targeted HAB species in the East Asia Waters. (Changwon KOREA, December 2007).
11. Baek, S.H., Shimode, S. and Kikuchi, T (2006) Reproductive ecology of dominant dinoflagellate, Ceratium fusus, in the coastal area of Sagami Bay. 3rd International Workshop on Targeted HAB Species in the East Asia Waters. (Nagasaki JAPAN, November 2006).
10. Baek, S.H., Shimode, S. and Kikuchi, T (2006) The role of temperature, salinity, light intensity and photoperiod for dinoflagellates, Ceratium furca and Ceratium fusus in the temperature coastal water of Sagami Bay, Japan. PICES 15th Annual Meeting (Yokohama JAPAN, Octorber 2005)
9. Onoue, Y., Shimode, S. and Kikuchi, T (2005) Reproductive strategy of Acartia steueri in Sagami Bay, Japan. JSPS Joint Seminar (Tokyo JAPAN, August 2005).
8. Baki, M.A., Shibata, A., Fukuda, H., Shimode, S. and Kikuchi, T. (2005) Distribution and relationship of planktonic bacteria with virus, heterotrophic nano-flagellates (HNF) and chlorophyll a concentration in the coastal area of Sagami Bay. JSPS Joint Seminar (Tokyo JAPAN, August 2005).
7. Baek, S.H., Shimode, S. and Kikuchi, T (2005) Reproductive ecology of dominant dinoflagellate, Ceratium furca, in the coastal area of Sagami Bay. JSPS Joint Seminar (Tokyo JAPAN, August 2005).
6. Shimode, S., Kawamura, M., Toda, T. and Kikuchi, T. (2005) Spatio-temporal changes in diversity and community structure of planktonic copepods in Sagami Bay, Japan. 9th International Conference On Copepoda (Hammamet TUNISIA, July 2005).
5. Miyaguchi, H., Fujiki, T., Shimode, S., Kukuchi, T. and Toda, T. (2005) Relationship between the bloom of Noctiluca scintilans and environmental factors in the coastal waters of Sagami Bay, Japan. Plankton Symposium III (Figueira da Foz PORTUGAL, March 2005).
4. Shimode, S. and Shirayama, Y. (2004) Life strategy of tow phytal-dwelling harpacticoids, Ambunguipes rufocincta and Eudactylops spectablis. Twelfth International Meiofauna Conference (Ravenna ITALY, July 2004).
3. Hashimoto, T., Shimode, S. and Kikuchi, T (2004) Seasonal variation of nematode communities associated with three different habitat types of temperate subtidal zone in Sagami Bay, Japan. Twelfth International Meiofauna Conference (Ravenna ITALY, July 2004).
2. Kurihara, H., Shimode, S. and Shirayama, Y. (2003) Effects of raised concentration of CO2 on the life histories of marine organisms. RITE international workshop "Advances in Biological Research for CO2 Ocean Sequestration" (Shirahama JAPAN, November 2003).
1. Shimode, S. and Shirayama, Y (2002) Diel vertical migration of night emerging copepods in Tanabe Bay, Japan. 8th International Conference On Copepoda (Keelung TAIWAN, July 2002).
国内学会・シンポジウムでの発表
105. 下出信次（2019）. 相模湾における寄生性渦鞭毛藻類の浮遊性カイアシ類Calanus sinicusの卵生産に与える影響. 2019年度日本プランクトン学会春季シンポジウム「プランクトン群集における共生・寄生―宿主個体群動態にインパクトを与える重要な一要因―」. 東京海洋大学. 2018年3月.（招待講演）
104. 名取則明・菅井洋太・山田幸奈・土屋健司・中川恵・松崎慎一郎・本多牧生・藤木徹一・下出信次・菊池知彦・古谷研・戸田龍樹（2019）. 相模湾真鶴港の微生物食物連鎖構造. 本海洋学会海洋生物研究会 海洋生物シンポジウム2019 (東京海洋大学). 2019年3月.
103. 沖田一弥・髙山佳樹・下出信次・戸田龍樹（2019）. 餌料藻類が浮遊性かいあし類Acartia steueri幼生期の発達に与える影響. 日本海洋学会海洋生物研究会海洋生物シンポジウム2019 (東京海洋大学). 2019年3月
102. Kuwahara, V. S., S. Shimode, K. Tsuchiya and R. Kurita (2018). Validation of monthly observations of spectral irradiance and bio-optical properties in the coastal waters of Sagami Bay (FY-3). Joint PI JAXA Meeting of Global Environmental Observation Mission, 21-24 January 2019, Tokyo, Japan.
101. 木村翼・高崎美宏・長井裕季子・Chen Chong ・豊福高志・下出信次・緒明佑哉・今井宏明（2018）. Sapphirinaのグアニン結晶集積体の構造解析. 第13回バイオミネラリゼーションワークショップ（バイオミネラリゼーション研究会）（東京大学大気海洋研究所）. 2018年11月.
100. 木村翼・高崎美宏・長井裕季子・Chen Chong ・豊福高志・下出信次・緒明佑哉・今井宏明（2018）. サフィリナのグアニン結晶集積体の構造解析. 第8回CSJ化学フェスタ2018-日本化学会秋季事業−（タワーホール船堀, 東京）. 2018年10月
99. 吉永侑司・菊池知彦・戸田龍樹・下出信次（2018）. 相模湾における浮遊性カイアシ類Calanus sinicusの産卵の日周性. 2018年度 日本プランクトン学会・日本ベントス学会 合同大会（創価大学）. 2018年9月.
98. 髙山佳樹・下出信次・戸田龍樹（2018）. 海産浮遊性カイアシ類の新規培養装置の開発. 2018年度 日本プランクトン学会・日本ベントス学会 合同大会（創価大学）. 2018年9月.
97. 菊池利典・髙山佳樹・名取則明・平原南萌・下出信次・戸田龍樹（2018）. かいあし類Acartia steueriの卵生産に及ぼす脂質組成の影響. 2018年度日本プランクトン学会・日本ベントス学会 合同大会（創価大学）. 2018年9月
96. 大高佳奈・高橋一生・菊池知彦・戸田龍樹・下出信次（2018）. 相模湾における浮遊性カイアシ類サフィリナ科の季節消長と体色変化. 日本海洋学会2018年秋季大会（東京海洋大学）. 2018年9月.
95. 菅井洋太・下出信次・戸田龍樹（2018）. 温帯沿岸域の海面ミクロ層における一酸化炭素（CO）動態. 日本地球惑星科学連合2018年大会（幕張メッセ）. 2018年5月.【学生優秀発表賞】
94. 下出信次(2018). プランクトンとアウトリーチツールとしてのInstagram. 2018年日本プランクトン学会春季シンポジウム「プランクトン研究、感性への原点回帰と新たな価値の創出」．東京海洋大学品川キャンパス．2018年3月25日．
93. 井川裕介・戌亥麻純・戸田龍樹・菊池知彦・下出信次 (2018). 相模湾におけるユーカラヌス属カイアシ類2種の個体群動態と卵生産. 日本海洋学会海洋生物研究会海洋生物シンポジウム2018. 東京海洋大学. 2018年3月.
92. 美川真奈・不島崇・菊池知彦・平原南萌・戸田龍樹・日高清隆・廣江豊・清水勇吾・下出信次 (2018). 夏相模湾と黒潮内域における浮遊性カイアシ類Calanus sinicusの卵サイズ. 日本海洋学会海洋生物研究会海洋生物シンポジウム2018. 東京海洋大学. 2018年3月.
91. 土屋健司・霜鳥孝一・佐野友春・冨岡典子・小松一弘・高津文人・今井章雄・佐藤貴之・菅井洋太・高山佳樹・戸田龍樹・下出信次 (2018). 夏季沿岸域における溶存態有機物の分子量分布. 日本海洋学会海洋生物研究会海洋生物シンポジウム2018. 東京海洋大学. 2018年3月.
90. 中村賢一・高橋一生・下出信次・清水勇吾・古谷研 (2018). カイアシ類アンモニア排泄速度に与える飼育実験条件の影響. 日本海洋学会海洋生物研究会海洋生物シンポジウム2018. 東京海洋大学. 2018年3月.
89. 大竹詩織・下出信次・高橋一生 (2018). 浮遊性ヤムシ類の遊泳行動比較および捕食行動観察. 日本海洋学会海洋生物研究会海洋生物シンポジウム2018. 東京海洋大学. 2018年3月
88. Kuwahara, V. S., S. Shimode, K. Tsuchiya and R. Kurita (2018). Validation of monthly observations of spectral irradiance and bio-optical properties in the coastal waters of Sagami Bay. Joint PI JAXA Meeting of Global Environmental Observation Mission in 2018 (Tokyo, Japan, January 2017).
87. 下出信次・井川裕介・日高清隆・高橋一生・菊池知彦・戸田龍樹 (2017). 浮遊性カイアシ類ユーカラヌス科における卵サイズの種内変異と制御要因. 本海洋学会2017年度秋季大会. 仙台国際センター. 2017年10月.
86. 不島崇・美川真奈・平原萌南・戸田龍樹・菊池知彦・下出信次 (2017). 相模湾における浮遊性カイアシ類Calanus sinicusの固定試料を活用した卵生産速度推定のためのモデル式の検証. 本海洋学会2017年度秋季大会. 仙台国際センター. 2017年10月.
85. 大竹詩織・下出信次・高橋一生 (2018). 飼育環境下における浮遊性ヤムシSagitta nagaeの摂餌および成長. 本海洋学会2017年度秋季大会. 仙台国際センター. 2017年10月.
84. 栗田陸矢・土屋健司・下出信次・戸田龍樹・桑原ビクター (2017). 相模湾沿岸域における励起蛍光特性より推定した植物プランクトン群集構造の季節的変動. 2017年度日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会. 滋賀県立大学. 2017年9月.
83. 菅井洋太・土屋健司・桑原ビクター伸一・下出信次・小松一弘・今井章雄・戸田龍樹 (2017). 相模湾沿岸域の有光層と無光層における細菌増殖速度・被捕食圧. 2017年度日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会. 滋賀県立大学. 2017年9月.
82. 熊谷祐貴・名取則明・土屋健司・下出信次・戸田龍樹 (2017). カイアシ類Acartia steueriの二次生産推定に及ぼす死亡個体の影響. 第51回日本水環境学会年会 熊本大学. 2017年3月.
81. 平原南萌・角石由美・今野文枝・下出信次・山本修一・戸田龍樹 (2017). 相模湾沿岸域における粒状態有機物の脂肪酸組成の周年変動. 日本海洋学会海洋生物学研究会第一回シンポジウム. 東京海洋大学.
80. 角石由美・平原南萌・今野文枝・下出信次・山本修一・戸田龍樹 (2017). 相模湾沿岸域における粒状態有機物の脂肪酸量の周年変動. 日本海洋学会海洋生物学研究会第一回シンポジウム. 東京海洋大学.
79. 下出信次・高橋一生・平原南萌・美川真奈・菊池知彦・戸田龍樹 (2017). Calanus属2種C. sinicusとC. jashnoviの産卵生態と生活史戦略. 日本海洋学会海洋生物学研究会第一回シンポジウム. 東京海洋大学.
78. 大西拓也・平井淳也・下出信次・津田敦 (2017). 飢餓におけるCalanus sinicus雌成体の遺伝子発現. 日本海洋学会海洋生物学研究会第一回シンポジウム. 東京海洋大学.
77. 菅井洋太・土屋健司・下出信次・渡邉啓子・黒沢則夫・戸田龍樹(2017). 相模湾沿岸域の海面ミクロ層における微生物群集構造の季節変動. 日本海洋学会海洋生物学研究会第一回シンポジウム. 東京海洋大学.
76. 井川裕介・戌亥麻純・戸田龍樹・菊池知彦・下出信次 (2016). 相模湾における浮遊性カイアシ類Eucalanus californicusの個体群動態と卵生産. 日本海洋学会2016年度秋季大会. 鹿児島大学.
75. 下出信次・高橋一生・平原南萌・美川真奈・菊池知彦・戸田龍樹(2016). カラヌス科カイアシ類の卵サイズと生活史戦略. 日本海洋学会2016年度秋季大会. 鹿児島大学.
74. 山口貴史・菊池知彦・平原南萌・戸田龍樹・下出信次 (2016). 相模湾における浮遊性カイアシ類Calanus sinicusの生殖腺発達段階と卵生産の関係. 日本海洋学会2016年度春季大会. 東京大学.
73. 美川真奈・菊池知彦・平原南萌・戸田龍樹・高橋一生・下出信次 (2016). 相模湾における浮遊性カイアシ類Calanus sinicusの卵サイズ. 日本海洋学会2016年度春季大会. 東京大学.
72. 髙山佳樹・下出信次・戸田龍樹 (2016). 相模湾沿岸域における カイアシ類Acartia japonicaの出現と卵生産. 日本海洋学会2016年度春季大会. 東京大学.
71. 小出昌美・土屋健司・今井章雄・佐野友春・冨岡典子・下出信次・戸田龍樹 (2016). カイアシ類Acartia steueriに付着するバクテリア現存量および生産量の季節変動. 日本海洋学会2016年度春季大会. 東京大学.
70. 土屋健司・戸田龍樹・佐野友春・冨岡典子・今井章雄・下出信次 (2016). バクテリア生産測定における各デオキシヌクレオシドのDNAへの取り込み特性. 日本海洋学会2016年度春季大会. 東京大学.
69. 菅井洋太・土屋健司・下出信次・佐野友春・冨岡典子・今井章雄・戸田龍樹 (2016). 相模湾沿岸域において植物プランクトンブルームが海面ミクロ層に生息する微生物に与える影響. 日本海洋学会2016年度春季大会. 東京大学.
68. 土屋健司・戸田龍樹・川崎伸之・佐野友春・冨岡典子・今井章雄・福田秀樹・浜崎恒二・多田雄哉・下出信次 (2015). バクテリア生産測定における 15N-デオキシアデノシン法と従来法の比較. 日本海洋学会2015年度秋季大会. 愛媛大学.
67. 戌亥麻純・菊池知彦・戸田龍樹・下出信次 (2015). 相模湾におけるカイアシ類Eucalanus californicusの個体群動態. 2015年度日本海洋学会秋季大会. 愛媛大学.
66. 土屋健司 ・戸田龍樹・川崎伸之・佐野友春・冨岡典子・今井章雄・福田秀樹・浜崎恒二 ・多田雄哉・下出信次 (2015). バクテリア生産測定における15N-デオキシアデノシン法と 従来法の比較 2015年度日本海洋学会秋季大会. 愛媛大学.
65. 下出信次・尾上保子・山口貴史・ 菊池知彦・戸田龍樹 (2015). 相模湾周辺域におけるAcartia属カイアシ類の季節的消長と地域特異性. 2015 年日本プランクトン学会春季シンポジウム 「Acartia 属カイアシ類の生物学」. 東京海洋大学.
64. 下出信次・山口貴史・菊池知彦・平原南萌・戸田龍樹・津田敦・高橋一生 (2015). ユーカラヌス科カイアシ類の卵サイズと生活史戦略. 2015年度日本海洋学会春季大会. 東京海洋大学.
63. 土屋健司 ・戸田龍樹・川崎伸之・佐野友春・冨岡典子・今井章雄・福田秀樹・浜崎恒二 ・多田雄哉・下出信次 (2015). 安定同位体・LC-MS を用いた細菌生産測定法. 2015年度日本海洋学会春季大会. 東京海洋大学.
62. 菅井洋太・土屋健司・下出信次・戸田龍樹 (2015). 相模湾沿岸域における水柱内の植物プランクトンおよび海面ミクロ層に生息する微生物の季節変動. 2015年度日本海洋学会春季大会. 東京海洋大学.
61. 山口貴史・菊池知彦・中川裕子・平原南萌・戸田龍樹・下出信次 (2015). 相模湾におけるカイアシ類 Calanus sinicus の卵生産と体長組成の季節変化. 2015年度日本海洋学会春季大会. 東京海洋大学.
60. 後藤直子・菊池知彦・下出信次 (2014). 相模湾におけるカイアシ類Calanus sinicusの体長組成の季節変化と生殖腺発達段階の推定. 2014年度日本海洋学会秋季大会. 長崎大学文教キャンパス.
59. 山口貴史・菊池知彦・下出信次 (2014). 相模湾真鶴半島におけるAcartia属カイアシ類の季節消長の地域差. 2014年度日本海洋学会秋季大会 長崎大学文教キャンパス.
58. 津田敦・下出信次・高橋一生 (2012). 大型動物プランクトン生活史の南北差、その適応と物質循環における意義. 東京大学大気海洋研究所共同利用研究集会「 海洋の生物地球化学・生態系の統合研究(IMBER)に関する最近の成果と今後の展望」. 東京大学.
57. 下出信次・高橋一生・津田敦 (2011). 亜熱帯太平洋におけるEucalanidae科カイアシ類の成長に伴う鉛直移動と生活史戦略. 東京大学大気海洋研究所共同利用研究集会「亜熱帯太平洋のプランクトン生態系および物質循環 に関する比較海洋学」. 東京大学.
56. 平井惇也・下出信次・津田敦 (2011). ITS2-28S rDNA配列による亜熱帯性カラヌス目カ イアシ類の種同定と展望. 東京大学大気海洋研究所共同利用研究集会「亜熱帯太平洋のプランクトン生態系および物質循環 に関する比較海洋学」. 東京大学.
55. 下出信次・高橋一生・虎谷充浩・野々村卓美・津田敦 (2011). 浮遊性カイアシ類Neocalanus属とCalanus属の分布特性と生活史. 2011年度日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会. 高知大学.
54. 平井惇也・下出信次・津田敦 (2011). ITS2-28S D1/D2領域による亜熱帯性カラヌス目カイアシ類の種同定. 2011年度日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会. 高知大学.
53. 下出信次 (2011). 黒潮域の大型カイアシ類の大規模鉛直移動 – ユウカラヌス科の多様性と進化. 2011年度日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会市民公開シンポジウム「黒潮流域の生物学：プランクトン・ベントス研究者からの新知見」. 高知大学.
52. 下出信次・高橋一生・清水勇吾・野々村卓美・津田敦 (2011). Eucalanidae科カイアシ類の生活史の多様性と進化. 2011年度日本海洋学会春季大会. 東京大学柏キャンパス.
51. 下出信次・高橋一生・清水勇吾・野々村卓美・津田 敦(2010). 西部北太平洋に出現するカイアシ類Rhincalanus rostrifronsの分布特性と生活史. 2010年度日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会. 東京大学柏キャンパス.
50. 下出信次・高橋一生・清水勇吾・野々村卓美・津田 敦(2010). 西部北太平洋におけるカイアシ類Rhincalanus nasutusの生活史. 2010年度日本海洋学会秋季大会. 東京農業大学オホーツクキャンパス.
49. 下出信次・津田敦 (2008). 亜熱帯海域における大型カイアシ類生活史. 東大海洋研究所全国共同利用研究集会「亜熱帯海洋学の最前線」. 東京大学農学部弥生講堂アネックスエンゼルホール.
48. 下出信次・白承鎬・大曽根智暁・菊池知彦 (2008). 相模湾北西部における栄養塩類および生物群集の中長期的な動態. 東大海洋研究所全国共同利用研究集会「駿河湾・相模湾シンポジウム」. 東京大学海洋研究所.
47. 下出信次・野々村卓美・津田敦 (2008). 西部北太平洋におけるカイアシ類Eucalanus californicusの分布特性. 2008年度日本海洋学会春季大会. 東京海洋大学.
46 下出信次・野々村卓美・津田敦 (2007). 西部北太平洋におけるカイアシ類Neocalanus gracilisの分布特性. 2007年度日本海洋学会秋季大会. 琉球大学.
45. 菊池知彦・下出信次・白承鎬 (2007). 相模湾真鶴半島周辺海域におけるプランクトンとベントスの研究（1）. 2007年度日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会公開シンポジウム「横浜の身近な海，相模湾から見るプラネットアース」. 横浜市立大学.
44. Baek, S.H., Shimode, S. and Kikuchi, T (2007). Growth of Ceratium furca and Ceratium fusus in the Sagami Bay, Japan; the role of temperature, light intensity and photoperiod. Annual Metting, 2007 of the Korean Society of Phycology. Pukyoung University 韓国.
43. 尾上保子・下出信次・戸田龍樹・菊池知彦 (2007). 相模湾真鶴港におけるカイアシ類Acartia steueriの急発卵、休眠卵の卵生産速度とエサ濃度の関係. 2007年度日本海洋学会春季大会. 東京海洋大学.
42. 尾上保子・下出信次・菊池知彦 (2006). 相模湾沿岸域におけるカイアシ類Acartia steueriの休眠卵：水温による孵化時間の違いとその生理状態. 2006年日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会. 広島県情報プラザ.
41. 橋本隆司・下出信次・菊池知彦 (2006). 相模湾真鶴半島沿岸域に出現する自由生活線虫類の鉛直分布について. 2006年日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会. 広島県情報プラザ.
40. 白承鎬・下出信次・菊池知彦 (2006). 渦鞭毛藻Ceratium furca の増殖特性 −鉛直移動能、細胞体積、遊泳速度、細胞分裂周期−. 2006年日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会. 広島県情報プラザ.
39. 下出信次・河村真理子・白山義久・ 菊池知彦 (2006). 富田海底谷における浮遊性Calanoida目カイアシ類の多様性と昼夜鉛直移動. 2006年日本海洋学会春季大会. 横浜市立大学
38. 白承鎬・下出信次・菊池知彦 (2006). 渦鞭毛藻Ceratium furcaとCeratium fususの増殖特性 -水温、光環境、栄養塩類の影響-. 2006年日本海洋学会春季大会. 横浜市立大学.
37. 松田裕之・浦野紘平・ロスベアグ アクセル・小池文人・雨宮隆・牧野光琢・森野真理・久保隆・下出信次・中井里史・加藤峰夫・茂岡忠義 (2005). 生態リスクマネジメントの基本手順と事例比較. 2005年度日本リスク研究学会第18回研究発表会. 大阪大学.
36. 下出信次・ 菊池知彦 (2006). 模湾北西部海域における生物群集の多様性と栄養塩バランス. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第５回シンポジウム生態環境リスクマネジメントへのアプローチ -丹沢山系から相模湾まで-」. 横浜国立大学.
35. 白承鎬・下出信次・菊池知彦 (2006). 相模湾西部沿岸域における栄養塩組成比と植物プランクトンの増殖の関係. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第５回シンポジウム生態環境リスクマネジメントへのアプローチ -丹沢山系から相模湾まで-」. 横浜国立大学.
34. Baki, M.A., Shimode, S. and Kikuchi, T. (2006). Seasonal changes of bacterial, viral and heterotrophic nano flagellates abundance and chlorophyll a concentration in the coastal area of Sagami Bay, Japan. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第５回シンポジウム生態環境リスクマネジメントへのアプローチ -丹沢山系から相模湾まで-」. 横浜国立大学.
33. 橋本隆司・下出信次・菊池知彦 (2006). 真鶴半島沿岸域におけるメイオベントス群集の時空間分布と要因. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第５回シンポジウム生態環境リスクマネジメントへのアプローチ -丹沢山系から相模湾まで-」. 横浜国立大学.
32. 水井涼太・下出信次・菊池知彦 (2006). 相模湾真鶴半島沿岸域生態系の有機物起源について. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第５回シンポジウム生態環境リスクマネジメントへのアプローチ -丹沢山系から相模湾まで-」. 横浜国立大学.
31. 尾上保子・下出信次・菊池知彦 (2006). 相模湾沿岸域におけるカイアシ類Acartia steueriの休眠卵が個体群変動に与える影響について. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第５回シンポジウム生態環境リスクマネジメントへのアプローチ -丹沢山系から相模湾まで-」. 横浜国立大学.
30. 寒川 浩・下出信次・菊池知彦 (2006). 海産自由生活性線虫類を指標とした環境評価法の開発. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第５回シンポジウム生態環境リスクマネジメントへのアプローチ -丹沢山系から相模湾まで-」. 横浜国立大学.
29. 下出信次・河村真理子・白山義久・戸田龍樹・菊池知彦 (2005). 室戸船状海盆における浮遊性Calanoida目カイアシ類の鉛直分布 -特に相模湾との比較について. 2005年度日本海洋学会秋季大会. 仙台市戦災復興記念館（宮城県仙台市）.
28. 尾上保子・鈴木園子・下出信次・菊池知彦 (2005). 相模湾真鶴港におけるカイアシ類Acartia steueriの休眠卵が個体群加入に与える影響について. 2005年度日本海洋学会秋季大会. 仙台市戦災復興記念館（宮城県仙台市）.
27. 白承鎬・下出信次・菊池知彦 (2005). 西部相模湾沿岸域における植物プランクトン群集と栄養塩の連続観測. 2005年度日本海洋学会秋季大会. 仙台市戦災復興記念館（宮城県仙台市）.
26. 下出信次・波田麻里・白山義久・菊池知彦 (2005). 紀伊海底谷におけるメイオベトスの群集に対する堆積物中のPCBの影響評価. 2005年日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会. 厚岸町役場（北海道厚岸町）.
25. 橋本隆司・下出信次・菊池知彦 (2005). 相模湾真鶴半島沿岸域におけるメイオベントス群集の時空間分布. 2005年日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会. 厚岸町役場（北海道厚岸町）.
24. 寒川 浩・下出信次・菊池知彦 (2005). 模湾真鶴港内におけるメイオベントス群集の分布生態−特に自由生活性線虫類について. 2005年日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会. 厚岸町役場（北海道厚岸町）.
23. 下出信次・河村真理子・白山義久・菊池知彦 (2005). 紀伊半島南西部沖におけるプランクトン性カイアシ類群集の多様性と昼夜鉛直移動. 2005年度日本海洋学会春季大会. 東京海洋大学.
22. 波田麻里・下出信次・白山義久・菊池知彦 (2005). 紀伊海底谷における堆積物中のPCBがメイオベトスの群集構造に与える影響について（予報）. 2005年度日本海洋学会春季大会. 東京海洋大学.
21. 尾上保子・下出信次・菊池知彦 (2005). 相模湾沿岸域におけるプランクトン性カイアシ類Acartia steueriの卵生産. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第４回シンポジウム「持続可能な生態環境保全に向けて」. 横浜国立大学.
20. 下出信次・戸田龍樹・菊池知彦 (2005). 相模湾におけるプランクトン性カイアシ類の群集構造. 第４回「生物・生態環境リスクマネジメント」シンポジウム「持続可能な生態環境保全に向けて」. 横浜国立大学.
19. 波田麻里・下出信次・菊池知彦 (2005). 紀伊海底谷における堆積物中のPCBがメイオベントスの群集構造に与える影響について. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第４回シンポジウム「持続可能な生態環境保全に向けて」. 横浜国立大学.
18. 橋本隆司・下出信次・菊池知彦 (2005). 真鶴半島沿岸域におけるメイオベントス群集の時空間変動. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第４回シンポジウム「持続可能な生態環境保全に向けて」. 横浜国立大学.
17. 寒川浩・下出信次・菊池知彦 (2005). 相模湾真鶴港内におけるメイオベントス群集の分布生態 −特に自由生活性線虫類について. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第４回シンポジウム「持続可能な生態環境保全に向けて」. 横浜国立大学.
16. Baki, M.A., Shimode, S. and Kikuchi, T. (2005). Seasonal and vertical variations of bacterial, viral and heterotrophic nano-flagellate abundance and chlorophyll a in the Sagami Bay, Japan. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第４回シンポジウム「持続可能な生態環境保全に向けて」. 横浜国立大学.
15. 小川泰生・下出信次・菊池知彦 (2005). 沿岸域生態系に及ぼす河川水の影響に関する研究 −酒匂川と早川の影響を中心として−. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第４回シンポジウム「持続可能な生態環境保全に向けて」. 横浜国立大学.
14. Baek, S. H., Shimode, S. and Kikuchi, T. (2005). Reproductive ecology of two dominant dinoflagellates, Ceratium furca and Ceratium fusus, in the coastal area of Sagami Bay, Japan. 横浜国立大学ＣＯＥ「生物・生態環境リスクマネジメント」第４回シンポジウム「持続可能な生態環境保全に向けて」. 横浜国立大学.
13. 橋本隆司・下出信次・菊池知彦 (2004). 相模湾浅海域におけるメイオベントス性線虫類群集の3定点における季節変動. 2004年度日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会. 愛媛大学.
12. 橋本隆司・下出信次・菊池知彦 (2004). 相模湾琴ヶ浜海岸潮下帯におけるメイオベントス性線虫類群集の季節変化. 2004年度日本海洋学会春季大会. 筑波大学.
11. 茂手木千晶・福田秀樹・柴田晃・下出信次・菊池知彦 (2004). 相模湾沿岸域における従属栄養性細菌類と鞭毛虫(HNF)及びウイルス現存量の時空間変動の解析. 2004年度日本海洋学会春季大会. 筑波大学.
10. 下出信次 (2003). 田辺湾における葉上性ソコミジンコ類の生活史戦略. 海洋生命系のダイナミクス平成１５年度公開シンポジウム. 中野サンプラザ（東京）.
9. 栗原晴子・下出信次・白山義久 (2003). 海水中のCO2濃度上昇がプランクトン性カイアシ類の卵生産率と幼生の生存率に及ぼす影響. 2003年度日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会. 東京海洋大学.
8. 下出信次・白山義久 (2002). 夜間水柱内に出現する葉上生ハルパクチコイダ類２種の日周鉛直移動. 大槌シンポジウム「葉上性甲殻類の生態学 課題と展望」. 東京大学海洋研究所附属大槌臨海研究センター.
7. 下出信次・白山義久 (2001). 夜間浮上性橈脚類 Eudactylops sp.1 と Ambunguipes sp.1（Harpacticoida目）の化学組成と現存量. 2001年度日本海洋学会秋季大会. グランシップ（静岡）.
6. 金城その子・下出信次・白山義久・和田洋 (2001) ウニ類における幼生形態の変異と野外での垂直分布との関係．日本ベントス学会第15回大会. 北海道大学.
5. 金城その子・下出信次・白山義久・和田洋 (2001) ナガウニ科のウニ類における幼生骨格形態の多様性と進化．日本進化学会第3回大会. 京都大学.
4. 下出信次・白山義久 (2001). 田辺湾における夜間浮上性橈脚類の分布生態の解析. 2001年度日本海洋学会春季大会. 東京大学.
3. 下出信次・白山義久 (1999). 田辺湾における夜間浮上性橈脚類の分布生態の解析. 1999年度日本海洋学会秋季大会. 北海道大学水産学部.
2. 下出信次・戸田龍樹・菊池知彦 (1998). 相模湾陸域から外洋遷移域におけるカイアシ類の分布特性. 1998年度日本海洋学会春季大会. 横浜市立大学.
1. 下出信次・戸田龍樹・菊池知彦 (1997). 相模湾沿岸域から外洋遷移域におけるカイアシ類の分布特性について. 1997年度日本海洋学会秋季大会. 鹿児島大学水産学部.
その他
3. 下出信次（2006). 奨励賞を受賞して. 日本プランクトン学会報 第52巻 第2号.
2. 下出信次（2003). 第8回国際カイアシ類会議に参加して. タクサ 第14号.
1. 下出信次（2003). 第８回国際カイアシ類会議印象記. 日本プランクトン学会報 第50巻 第1号.
